Uma preocupação comum diante do diagnóstico de endometriose (uma doença não maligna) é se a doença poderia levar ao câncer. Esta preocupação costuma ser maior por parte daquelas mulheres que têm história familiar da doença, especialmente casos de câncer ginecológico.
Há casos descritos de transformação maligna de endometriose em câncer. Sugere-se também um pequeno aumento do risco de câncer de ovário ao longo da vida da mulher que tem endometriose. Entretanto, os relatos são infrequentes, considerando o grande número de portadoras de endometriose.
Apesar destes relatos, não há uma recomendação formal para tratamento cirúrgico da endometriose como forma de prevenção do câncer. O câncer de ovário é uma doença incomum, apesar de grave. As decisões sobre tratamento são individualizadas, no contexto de sinais e sintomas que tornariam o tratamento cirúrgico uma possibilidade.