A endometriose pode afetar o intestino em três locais específicos: o retossigmoide, o apêndice vermiforme, e íleo terminal, nesta ordem de frequência. As lesões ocorrem na forma de nódulos, que podem (ou não) causar sintomas. Entre esses, destacam-se o desejo súbito (urgência) para evacuar, as dores para evacuar, eventual sangramento nas fezes, ou mesmo dores de estômago que simulam uma gastrite durante o período menstrual, entre outros.
Curiosamente, não existe uma relação direta entre endometriose no intestino e sintomas intestinais. Dessa forma, as mulheres podem ter dores intestinais sem ter endometriose no intestino, e vice versa.
Os melhores exames para o diagnóstico da endometriose no retossigmoide (local mais comum) são a ultrassonografia transvaginal com preparo intestinal, a ressonância magnética pélvica, e a ultrassonografia endorretal. O diagnóstico depende diretamente da experiência do médico que realiza o exame. A colonoscopia é falha, pois apenas 5% das lesões do retossigmoide atingem a parte interna do intestino, sendo então passíveis de detecção por esse exame.
Nenhuma medicação é capaz de erradicar a endometriose no intestino (ou de outros locais). Uma cirurgia poderá ser necessária na presença de dor e/ou infertilidade. Nessa situação, torna-se imprescindível o correto diagnóstico da endometriose intestinal antes da cirurgia, para adequado planejamento e ressecção completa. Por outro lado, mulheres que não tenham sintomas podem ser acompanhadas clinicamente na grande maioria dos casos.